Une audition d’orgue à lieu chaque deuxième samedi du mois (Octobre-Juin) à 17 h, sous la direction artistique d’Olivier Penin, organiste titulaire. Depuis sa construction, l'orgue de Ste-Clotilde a vu se succéder de célèbres organistes aux claviers, comme César Franck, Charles Tournemire, Jean Langlais. Cet orgue, restauré en 2005, est l’un des plus prestigieux de la capitale. Depuis 2005, la présence d'une console mobile permet pleinement aux auditeurs de profiter du jeu de l’organiste.